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Blog : R, machine learning et data science

Tutoriels R, machine learning, dataviz et coulisses de la recherche : les articles de Thelma Panaïotis, formatrice R et docteure en écologie numérique.

Blog

Tutoriels R, machine learning, dataviz et coulisses de la recherche.

Le soleil est une très mauvaise horloge

Data viz

Hors piste

Le jour le plus court est le 21 décembre, mais le soleil n’a pas fini de se lever de plus en plus tard. Pourquoi ? Enquête en R avec suncalc, à Nice.

Thelma Panaïotis

Carte du monde en projection arrondie, océans en dégradé de bleu

Projections cartographiques : le guide pour ne pas y laisser sa santé mentale

Tutoriels R

Data viz

Comment reprojeter une carte sans se retrouver avec un store vénitien à la place d’un océan.

Thelma Panaïotis

Carte du monde avec les continents en bleu foncé et les côtes en orange

Cartes du monde avec R : projections, graticules et palettes

Tutoriels R

Data viz

Mercator, Equal Earth et les autres : comprendre les projections cartographiques et les manier avec ggplot2 et sf.

Thelma Panaïotis

Illustration en deux moitiés : une forêt et des animaux d'un côté, des formes géométriques et un dendrogramme de l'autre

vegan ou FactoMineR : deux packages, deux visions du monde

Écologie quantitative

Pédagogie

Derrière le choix d’un package R se cache une histoire, une communauté, et une façon de penser les données.

Thelma Panaïotis

Diagramme de Taylor : points colorés placés sur des arcs de cercle

Le diagramme de Taylor, enfin décrypté

Data viz

Tutoriels R

Trois métriques, un seul graphique : le diagramme de Taylor est partout en modélisation, mais rarement bien compris. Voici comment le lire, sans deviner.

Thelma Panaïotis

Mème de la marionnette qui détourne le regard, avec le texte « Vous avez dit regex ? »

Les regex, enfin comprises

Tutoriels R

R bits

Les expressions régulières font peur à beaucoup de monde. Elles obéissent pourtant à une logique très simple. Décryptage avec stringr et quelques classiques de base R.

Thelma Panaïotis

Arc-en-ciel dessiné aux crayons de couleur

Trop de couleurs tue la couleur

Data viz

Tutoriels R

Palettes qualitatives et limites de la perception humaine : combien de catégories peut-on vraiment distinguer sur un graphique ?

Thelma Panaïotis

Une ribambelle de cerfs-volants colorés dans le ciel

Air : un peu d’air frais dans votre code R

R bits

Découverte du formatteur Air pour R : pourquoi l’utiliser, comment il fonctionne, comment l’installer.

Thelma Panaïotis

Thelma Panaïotis souriante, en tenue de cycliste, au milieu de participants d'une course à vélo

Visualiser une course avec Quarto Dashboard, plotly et leaflet

Parcours

Data viz

381 km sur les 480 du tracé officiel du BikingMan, une bascule stratégique à Tende, et un Quarto dashboard qui raconte la suite mieux que moi.

Thelma Panaïotis

Deux cartes rondes de Dobble couvertes de silhouettes de poissons

Les maths cachées du Dobble

Hors piste

Il y a toujours exactement un symbole en commun entre deux cartes du Dobble. Ce n’est pas un hasard, c’est de la géométrie projective.

Thelma Panaïotis

Vue aérienne d'une barque seule sur une eau bleu sombre

R pour le machine learning : pourquoi changer de langage quand on peut rester dans le sien ?

Parcours

Pédagogie

Le plus grand obstacle au ML pour les utilisateurs de R, ce n’est pas R. C’est de croire qu’il faut passer à Python.

Thelma Panaïotis

Un prisme décompose un faisceau de lumière blanche en arc-en-ciel

Une palette de couleurs, ça ne se choisit pas au hasard

Data viz

Tutoriels R

Séquentiel, divergent, qualitatif : trois familles de palettes, trois logiques différentes. Et pourquoi jet c’est toujours une mauvaise idée.

Thelma Panaïotis

Un grand arbre au premier plan et des arbres plus petits dans une prairie

Optimisation des hyperparamètres : comment trouver les bons réglages pour son modèle

Tutoriels R

Machine Learning

Paramètres, hyperparamètres, grid search : comment faire les bons choix avant d’entraîner son modèle de machine learning.

Thelma Panaïotis

Grille de carrés bleus et orange illustrant la répartition des données en plis de validation croisée

Validation croisée : évaluer son modèle sans se mentir

Tutoriels R

Machine Learning

Quand le train/test split ne suffit pas, la cross-validation prend le relais. Principe, implémentation en R et variantes pour une évaluation robuste de vos modèles.

Thelma Panaïotis

Un camembert entamé sur son papier, avec un couteau à fromage

Pourquoi le graphique en camembert est (presque) toujours une mauvaise idée

Data viz

Tutoriels R

Le camembert est omniprésent dans les rapports et présentations. Pourtant, c’est l’un des graphiques les moins efficaces qui soit, et le seul qui porte le nom d’un fromage. Voici pourquoi, et quoi utiliser à la place avec ggplot2.

Thelma Panaïotis

Carte de chaleur de valeurs numériques en dégradé de violets

Analyser son questionnaire marché avec R : FAMD et profils types

Tutoriels R

Pédagogie

Comment j’ai utilisé la FAMD et le k-means pour identifier 4 profils types parmi les répondants de mon questionnaire marché : choix méthodologiques, pièges et ce que l’analyse a changé.

Thelma Panaïotis

Illustration d'une boîte de sardines ouverte

datapyranhia : mon data package R pour arrêter de perdre du temps en formation

Packages R

Pédagogie

Un datapackage pour que mes formations démarrent en 2 minutes au lieu de 30.

Thelma Panaïotis

Les pipes %>% et |> avec la légende « Ce pipe n'est pas un pipe »

Ce pipe n’est pas un pipe

R bits

Sur les différences entre |> et %>%.

Thelma Panaïotis

Points de données répartis par des lignes en deux groupes, entraînement en bleu et test en orange

Train/test split : séparer ses données pour le machine learning

Tutoriels R

Machine Learning

Comment diviser correctement ses données entre ensemble d’entraînement et de test en R avec rsample et spatialsample

Thelma Panaïotis

Mosaïque d'images de plancton classées par catégorie

Classifier des millions d’images de plancton : pourquoi les petits modèles suffisent

Computer vision

ML océano

Un benchmark complet de méthodes de machine learning pour la classification d’images de plancton révèle que la simplicité l’emporte souvent sur la complexité.

Thelma Panaïotis

Planche d'images en noir et blanc d'organismes planctoniques variés

Des millions d’images de plancton, trois communautés : comment la data science révèle les patterns cachés de l’océan

ML océano

Écologie quantitative

Data viz

De la collecte de données massives à la découverte de typologies globales : retour sur une analyse qui combine imagerie sous-marine et clustering.

Thelma Panaïotis

Mer turquoise et vagues sur une plage de galets

De l’idée au notebook : comment je crée mes formations R

Pédagogie

Mon processus complet de création de formations, de la conception en pédalant sur mon vélo jusqu’au notebook interactif final.

Thelma Panaïotis

Méduses violettes lumineuses sur fond sombre

De docteure à formatrice : pourquoi j’ai quitté la recherche académique

Parcours

Pédagogie

Mon parcours de la recherche en écologie marine vers la création de Pyranhia. Retour sincère sur les raisons qui m’ont poussée à quitter l’académie pour l’enseignement et la formation.

Thelma Panaïotis

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